① 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때, ② 폐지의 승인을 받았을 때, ③ 회계연도가 끝났을 때 실적보고서 제출사유가 발생하며, 각 사유가 발생한 날부터 2개월 이내 제출 합니다. 이 때 감사인(회계법인 등)의 검증보고서를 함께 제출하여야 합니다.

* ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제27조(보조사업 또는 간접보조사업의 실적 보고)
① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 중앙관서의 장이 정하는 바에 따라 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때, 폐지의 승인을 받았을 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 그 보조사업 또는 간접보조사업의 실적을 적은 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서를 작성하여 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 제출하여야 한다.

* ｢보조금 관리에 관한 법률 시행령｣ 제12조(보조사업의 실적 보고)
① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 법 제27조제1항에 따라 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서를 실적 보고 사유가 발생한 날부터 2개월(지방자치단체의 장인 보조사업자 또는 간접보조사업자의 경우에는 3개월) 내에 제출하여야 한다.

* ｢보조사업 정산보고서 작성지침｣ 제9조(정산보고서의 제출)
① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 중앙관서의 장 또는 상위보조사업자에게 제출하여야 하는 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서를 작성할 때 보조사업 정산보고서를 중앙관서의 장이 정하는 서류와 함께 첨부하여야 한다.
② 보조사업자 또는 간접보조사업자는 정산보고서를 검증기관으로부터 검증을 받는 경우 검증보고서를 첨부하여야 한다.
③ 다수의 보조사업자가 공동으로 보조사업을 수행(컨소시엄 형태)하는 경우에는 주관 보조사업자가 총괄하여 정산보고서를 제출한다.

보조사업 정산보고서(보조사업 정산보고서 작성지침 별지 제1,2,3,호 서식) 및 중앙관서의 장이 정하는 서류를 제출합니다. 실적보고서 양식은 보통 관할 관청에서 제공하거나 관련 법령에서 제공합니다.

이 때 보조사업자는 신속한 보조금 정산 및 업무 효율화를 위해 "순보조사업비" 기준의 정산보고서를 우선 제출하고, 하위 보조사업자의 정산이 완료된 후에 이를 총괄하여 "총보조사업비" 기준의 정산보고서를 제출하여야 합니다.

* ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제27조(보조사업 또는 간접보조사업의 실적 보고)
② 제1항의 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서에는 그 보조사업 또는 간접보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 한 정산보고서 및 중앙관서의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다. 이 경우 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 보조금 또는 간접보조금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 보조사업자 또는 간접보조사업자(보조사업자 또는 간접보조사업자가 지방자치단체인 경우는 제외한다)는 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인으로부터 정산보고서의 적정성에 대하여 검증을 받아야 한다.

최초로 지급하는 보조금의 100분의 50 이내의 범위에서 지연 기간을 고려하여 보조금이 삭감될 수 있습니다.
1. 3개월 이상 지연하여 제출한 경우: 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금(간접보조사업자의 경우 간접보조금에 관련된 보조금을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 10 이하의 범위에서 삭감

2. 6개월 이상 지연하여 제출한 경우: 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금의 100분의 20 이하의 범위에서 삭감

3. 12개월 이상 지연하여 제출한 경우: 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금의 100분의 50 이하의 범위에서 삭감

* ｢보조금 관리에 관한 법률 시행령｣ 제12조(보조사업의 실적 보고)
③ 법 제27조제3항에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 구분에 따른 기준을 말한다.
1. 3개월 이상 지연하여 제출한 경우: 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금(간접보조사업자의 경우 간접보조금에 관련된 보조금을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 10 이하의 범위에서 삭감
2. 6개월 이상 지연하여 제출한 경우: 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금의 100분의 20 이하의 범위에서 삭감
3. 12개월 이상 지연하여 제출한 경우: 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금의 100분의 50 이하의 범위에서 삭감

보조금 또는 간접보조금의 총액이 1억원 이상인 보조사업자 또는 간접보조사업자(보조사업자 또는 간접보조사업자가 지방자치단체인 경우는 제외한다)가 대상입니다.
※ 지방보조금은 총액이 3억원 이상인 경우 회계법인 검증대상입니다.

* ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제27조(보조사업 또는 간접보조사업의 실적 보고)
② 제1항의 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서에는 그 보조사업 또는 간접보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 한 정산보고서 및 중앙관서의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다. 이 경우 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 보조금 또는 간접보조금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 보조사업자 또는 간접보조사업자(보조사업자 또는 간접보조사업자가 지방자치단체인 경우는 제외한다)는 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인으로부터 정산보고서의 적정성에 대하여 검증을 받아야 한다.

* ｢보조금 관리에 관한 법률 시행령｣ 제12조의2(정산보고서의 검증)
② 법 제27조제2항 후단에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 해당 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 보조금 또는 간접보조금 총액 1억원을 말한다. 다만, 해당 보조사업 또는 간접보조사업의 보조사업자 또는 간접보조사업자가 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공기업 또는 준정부기관에 해당하는 경우 등으로서 보조사업 또는 간접보조사업의 특성을 고려하여 달리 정할 필요가 있는 경우에는 기획재정부장관이 정하여 고시하는 금액을 말한다.

* ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조(정의)
7. “감사인”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
가. 「공인회계사법」 제23조에 따른 회계법인(이하 “회계법인”이라 한다)
나. 「공인회계사법」 제41조에 따라 설립된 한국공인회계사회(이하 “한국공인회계사회”라 한다)에 총리령으로 정하는 바에 따라 등록을 한 감사반(이하 “감사반”이라 한다

서류 구비의 완전성 확인, 증빙서류 확인, 집행내역과 사업계획서의 연관성, 수익금 및 이자의 정확성, 관련 법령에 의한 불인정금액 산출, 이월금액 및 미반환액의 정확성 확인, 집행잔액 및 보조금반환액의 정확성 확인, 계약체결 절차(ex) 입찰여부 등) 등의 절차를 진행합니다.

* ｢보조사업 정산보고서 검증지침｣ 제13조(정산보고서의 검증절차)
① 검증기관에 의한 정산보고서에 대한 검증절차는 다음 각 호와 같다.
1. 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 이해
2. 보조사업 또는 간접보조사업의 사업계획서에 대한 이해
3. 「보조사업 정산보고서 작성지침」에 대한 이해
4. 보조사업 또는 간접보조사업의 정산보고서 및 중앙관서의 장이 정하는 서류 구비의 완전성 확인
5. 보조사업 또는 간접보조사업 집행관련 지출거래의 증빙서류 확인
6. 보조사업 또는 간접보조사업 계약거래에 있어 계약절차 및 증빙서류 진위여부 확인
7. 보조사업비 또는 간접보조사업비와 사업계획서의 연관성 확인
8. 보조사업 또는 간접보조사업 관련 법령 및 지침과 중앙관서의 장이 정한 집행 기준에 위배되는 금액의 확인
9. 보조사업 또는 간접보조사업과 관련하여 「보조금 관리에 관한 법률」 제18조제2항에 따라 반환하여야 하는 수익금이 발생하는 경우 동 수익금의 정확성 확인
10. 보조사업 또는 간접보조사업과 관련한 발생이자의 정확성 확인
11. 보조사업 또는 간접보조사업 관련 법령 또는 「보조사업 정산보고서 작성지침」에 부합되지 아니한 불인정금액의 산출
12. 보조사업비의 일부가 중앙관서의 장의 승인을 받아 이월되거나 기타 법령 등에 의하여 보조금 잔액을 반환하지 아니할 경우 이월금액 또는 미반환액의 정확성 확인
13. 보조사업비 집행잔액 및 보조금반환액의 정확성 확인

회계법인에서는 중앙관서 장의 승인을 받은 경우를 제외하고는 보조사업비에 대한 검증을 수행하는 경우 보조사업자 외부회계감사는 수임이 불가합니다. 이 외 회계기록과 재무제표의 작성(기장업무), 내부감사업무의 대행, 재무정보체제의 구축 또는 운영 등의 여러가지 업무의 제한을 두고 있습니다.

* ｢보조사업 정산보고서 검증지침｣제6조(검증기관의 업무제한)
검증기관은 보조사업 또는 간접보조사업의 보조사업 정산보고서에 대한 검증업무를 수행하는 기간 중에는 그 보조사업 또는 간접보조사업을 수행하는 보조사업자 또는 간접보조사업자에 대하여 다음 각 호에 해당하는 업무를 수행할 수 없다. 다만, 보조사업자 또는 간접보조사업자가 해당 중앙관서의 장의 승인을 받을 경우에는 예외로 한다.

1. 회계기록과 재무제표의 작성
2. 「보조사업자 회계감사 세부기준」에서 규정하고 있는 회계감사
3. 내부감사업무의 대행
4. 재무정보체제의 구축 또는 운영
5. 그 밖에 보조사업비 검증업무와 이해상충의 소지가 있는 업무

중앙관서로의 실적보고서 제출(회계법인 검증보고서 포함) 후 중앙관서가 수행하는 절차는 아래와 같습니다.

1. ­보조사업 실적보고서의 적합성 심사
1) 중앙관서의 장은 보조사업 실적보고서를 토대로 보조사업이 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 적합한 것인지를 심사(보조사업의 적합성 심사)
2) 보조사업의 적합성 심사 결과 적합하다고 판단될 때에는 보조금액을 확정하고 이를 해당 보조사업자에게 통지.
3) 중앙관서의 장은 정산의 적정 집행여부 판단에 있어 필요시 현장조사를 실시하거나 추가자료를 요구.

2. 보조사업 실적보고서 검토에 따른 조치
- 중앙관서의 장은 제출된 실적보고서를 토대로 심사하고 그 정산결과가 적합하지 않다고 인정될 경우에는 보조사업자에 대하여 보조사업의 시정을 위한 필요한 조치를 명할 수 있음.

(*) ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제28조(보조금의 금액 확정)
① 중앙관서의 장은 제27조에 따라 보조사업자로부터 보조사업실적보고서를 받으면 그 보조사업의 실적이 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 적합한 것인지를 심사하여야 한다. 이 경우 필요하다고 인정되면 현지조사를 하여야 한다.
② 중앙관서의 장은 제1항의 심사 결과 보조사업의 실적이 제1항의 심사기준에 적합하다고 인정될 때에는 교부하여야 할 보조금의 금액을 확정하여 그 보조사업자에게 통지하여야 한다.

(*) ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제29조(보조사업의 시정명령)
중앙관서의 장은 제27조에 따른 보조사업실적보고서를 받은 경우에 그 보조사업의 실적이 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 적합하지 아니하다고 인정될 때에는 그 보조사업자에게 보조사업의 시정을 위하여 필요한 조치를 명할 수 있다.

중앙관서의 장은 보조금사업의 실적보고 및 정산 심사 후 집행잔액, 보조금으로 발생한 이자 및 보조사업의 수익금을 기한을 정하여 함께 반납받아야 하고 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 반납이 완료될 수 있도록 하여야 합니다.

(*) ｢국고보조금 통합관리지침｣ 제26조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납)
① 중앙관서의 장은 보조사업이 완료되었을 때, 폐지의 승인을 한 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 「보조금법」제27조와 「보조금법 시행령」제12조에 따라 보조사업자 등으로부터 정산보고서 등이 포함된 실적보고서를 제출 받아야 하며 집행잔액과 보조금으로 발생한 이자, 보조사업의 수익금(교부목적에 위배되지 않는 범위내에서 보조금으로 인해 발생한 수익금을 반환하도록 교부조건에 명시한 경우에 한한다)을 반납 받아야 한다.

② 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것을 원칙으로 한다. 다만 부가가치세 환급금을 동일한 사업에 재투자 하고자 할 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있다.

③ 제1항의 반납 받아야 하는 ‘집행잔액’은 보조금시스템의 재원별 사용금액 잔액을 기준으로 하고, 반납받아야 하는 ‘보조사업의 수익금’은 국고보조금 비율 등에 따라 산정한다. 다만, 보조금법 제26조의2제2항에 따라 통일ㆍ안보 등에 관련된 보조사업 또는 간접보조사업으로서 보조금시스템을 통하여 업무를 수행하는 것이 적절하지 아니하다고 기획재정부장관이 관계 중앙관서의 장과 협의하여 정하는 보조사업 또는 간접보조사업은 국고보조금 비율 등에 따라 집행잔액을 산정한다.

④ 중앙관서의 장은 보조금 집행잔액과 이자, 보조사업의 수익금의 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 반납이 완료될 수 있도록 하여야 한다.

⑤ 보조사업자는 예탁된 보조금의 집행잔액, 이자수입 및 보조사업의 수익금을 예탁기관으로 하여금 중앙관서의 장 또는 지방자치단체의 장에게 반납하게 할 수 있다.

⑥ 보조사업자 등이 지방자치단체를 제외한 민간사업자인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는「민법」제379조의 법정이율인 연 5%를 적용한다.

⑦ 보조사업자 등이 지방자치단체인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는 자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 반납대상에서 제외하는 이자는「보조금법」제31조제2항과「보조금법 시행령」제13조에 따른다.

⑧ 제1항, 제5항과 제7항은 간접보조사업자에게도 준용한다.

보조금을 최초 교부받은 때부터 정산 후 집행잔액을 반환할 때까지 발생한 모든 이자가 환수대상이 됩니다. 집행잔액에 대한 이자만 납부하는 것을 의미하는 것이 아니며, 교부받은 보조금 전액을 집행하고 집행잔액이 ‘0’인 경우에도 보조금을 교부받은 때로부터 정산 후 집행잔액을 반납할 때까지 발생한 이자는 반납하는 것입니다.
1) 반환금리: 보조금 지정계좌의 약정 금리 적용
2) 반환기한을 경과한 기간의 이자: 보조사업자가 반환기간을 경과한 날로부터 실제반환일까지의 이자는 별도 협약이 없는 경우 ｢민법｣ 제379조의 법정이율인 연 5%를 적용하여 반납합니다.

(*) ｢국고보조금 통합관리지침｣ 제26조(보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납)
⑤ 보조사업자는 예탁된 보조금의 집행잔액, 이자수입 및 보조사업의 수익금을 예탁기관으로 하여금 중앙관서의 장 또는 지방자치단체의 장에게 반납하게 할 수 있다.

⑥ 보조사업자 등이 지방자치단체를 제외한 민간사업자인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는「민법」제379조의 법정이율인 연 5%를 적용한다.

⑦ 보조사업자 등이 지방자치단체인 경우로서 발생이자 산정이 곤란한 때에는 자치단체가 금융기관과 약정한 보통예금 금리로 산정한다. 다만, 반납대상에서 제외하는 이자는「보조금법」제31조제2항과「보조금법 시행령」제13조에 따른다.

① 지방보조사업을 완료했을 때, ② 지방보조사업 폐지의 승인을 받았을 때, ③ 회계연도가 끝났을 때 실적보고서 제출사유가 발생하며, 각 사유가 발생한 날부터 2개월 이내 제출 합니다. 이 때 감사인(회계법인 등)의 검증보고서를 함께 제출하여야 합니다.

* ｢지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률｣ 제17조(지방보조사업의 실적 보고)
① 지방보조사업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 그 지방보조사업의 실적보고서(이하 “실적보고서”라 한다)를 작성하여 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 실적보고서에는 그 지방보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 한 정산보고서 및 지방자치단체의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 지방보조사업자가 「보조금 관리에 관한 법률」 제27조에 따른 실적보고를 한 때 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 이 법에 따른 실적보고를 완료한 것으로 볼 수 있다.
1. 지방보조사업을 완료하였을 때
2. 지방보조사업 폐지의 승인을 받았을 때
3. 회계연도가 끝났을 때

* ｢지방보조금 관리기준｣ 제23조(검증보고서의 제출)
① 지방보조사업자는 법 제17조제1항 각 호의 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 실적보고서와 검증보고서를 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 지방보조사업자는 본문에 따른 기간 내에 검증보고서의 작성이 완료되기 곤란하다고 판단하는 경우에는 해당 지방자치단체의 장에게 제출 기간의 연장을 요청할 수 있다.

② 지방자치단체의 장은 제1항 후단에 따른 제출 기간의 연장을 요청받은 경우 기간의 연장이 필요하다고 인정하는 경우에는 2개월의 범위 내에서 그 기간을 연장할 수 있다.

지방보조금 실적보고서(지방보조금법 시행규칙 별지제2호서식), 지방보조사업 정산보고서(지방보조금법 시행규칙 별지제3호서식) 및 지방자치단체의 장이 정하는 서류를 제출합니다.

｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제2조제3호 또는 제6호에 따른 보조사업자 또는 간접보조사업자로서 해당 지방자치단체의 장에게 실적보고를 한 경우 실적보고를 완료한 것으로 봅니다.

* ｢보조금 관리에 관한 법률｣ 제2조(정의)
3. “보조사업자”란 보조사업을 수행하는 자를 말한다.
6. “간접보조사업자”란 간접보조사업을 수행하는 자를 말한다.

* ｢지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률｣ 제17조(지방보조사업의 실적 보고)
① ~ 다만, 지방보조사업자가 「보조금 관리에 관한 법률」 제27조에 따른 실적보고를 한 때 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 이 법에 따른 실적보고를 완료한 것으로 볼 수 있다.

* ｢지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 시행령｣ 제9조(지방보조사업의 실적보고서 제출)
② 법 제17조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우”란 지방보조사업자가 「보조금 관리에 관한 법률」 제2조제3호 또는 제6호에 따른 보조사업자 또는 간접보조사업자로서 해당 지방자치단체의 장에게 실적보고를 한 경우를 말한다.

지방보조금이 추가로 교부 되지 않습니다.

* ｢지방보조금 관리기준｣ 제19조(지방보조사업 실적보고 및 집행잔액 등 반납)
④ 지방자치단체의 장은 정당한 사유 없이 지방보조사업의 실적보고서를 제출하지 않은 지방보조사업자에 대해서는 지방보조금을 추가로 교부하여서는 아니된다.

지방보조금의 총액이 3억원 이상인 지방보조사업자(지방자치단체인 경우는 제외)가 대상입니다.
※ (국고) 보조금은 총액이 1억원 이상인 경우 회계법인 검증대상입니다.

* ｢지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률｣ 제17조(지방보조사업의 실적 보고)
② 지방보조사업에 대한 지방보조금의 총액이 3억원 이상인 지방보조사업자(지방보조사업자가 지방자치단체인 경우는 제외한다)는 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인으로부터 실적보고서의 적정성에 대하여 검증을 받아야 한다.

* ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조(정의)
7. “감사인”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
가. 「공인회계사법」 제23조에 따른 회계법인(이하 “회계법인”이라 한다)
나. 「공인회계사법」 제41조에 따라 설립된 한국공인회계사회(이하 “한국공인회계사회”라 한다)에 총리령으로 정하는 바에 따라 등록을 한 감사반(이하 “감사반”이라 한다

집행 및 지출에 관한 증명서류, 계약체결 절차(ex) 입찰여부 등), 사업계획서 예산에 맞춘 집행여부, 이자발생액, 교부조건 위반 여부, 반환금액의 산정, 이월금액 확인 등의 확인 절차를 진행합니다.

* ｢지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 시행규칙｣ 제4조(검증 관련 보고서의 작성 등)
② 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인(이하 “감사인”이라 한다)은 별지 제4호서식의 검증 관련 보고서를 작성할 때에는 다음 각 호의 사항을 확인해야 한다.
1. 지방보조금의 집행 및 지출에 관한 증명서류
2. 지방보조사업 계약 체결 절차 및 관련 증명서류의 적절성
3. 지방보조사업의 사업계획서와 지방보조금 집행의 적절성
4. 지방보조금으로 인하여 발생한 이자 산정의 정확성
5. 법 제9조제1항에 따른 지방보조금 교부 조건의 위반 여부 및 조건 위반에 따른 불인정금액의 정확성
6. 지방자치단체의 장이 법 제9조제2항에 따라 지방보조금의 전부 또는 일부의 반환에 관한 조건을 붙인 경우에는 해당 반환 금액의 정확성
7. 법 제14조에 따라 지방자치단체의 장의 승인을 받아 지방보조사업의 내용 또는 경비의 배분이 변경되어 지방보조금의 일부가 이월된 경우에는 그 이월금액의 정확성
8. 법 제17조제1항 각 호 외의 부분 후단에 따른 지방자치단체의 장이 정하는 서류의 구비 여부
9. 지방보조금 집행 잔액 및 영 제9조제3항에 따른 지방보조금 반환액의 정확성

회계법인에서는 지방자치단체의 장의 승인을 받은 경우를 제외하고는 지방보조사업비에 대한 검증을 수행하는 경우 외부회계감사는 수임이 불가합니다. 이 외 회계기록과 재무제표의 작성(기장업무), 내부감사업무의 대행, 재무정보체제의 구축 또는 운영 등의 여러가지 업무의 제한을 두고 있습니다.

* ｢지방보조금 관리기준｣제22조(감사인의 책임 등)
① 법 제17조제2항의 감사인은 지방보조사업의 정산보고서에 대한 검증업무를 수행하는 기간 중에는 그 지방보조사업을 수행하는 지방보조사업에 대하여 다음 각 호에 해당하는 업무를 수행할 수 없다. 다만, 지방보조사업자가 해당 지방자치단체의 장의 승인을 받은 경우에는 예외로 한다.
1. 회계기록과 재무제표의 작성
2. 외부회계감사
3. 내부감사업무의 대행
4. 재무정보체제의 구축 또는 운영
5. 그 밖에 지방보조사업비 검증업무와 이해상충의 소지가 있는 업무

지방자치단체로의 실적보고서 제출(회계법인 검증보고서 포함) 후 지방자치단체가 수행하는 절차는 아래와 같습니다.

1. 지방보조사업 실적보고서의 적합성 심사
1) 지방자치단체의 장은 지방보조금법 제17조에 따라 작성된 지방보조사업 실적보고서를 토대로 지방보조사업이 법령, 조례, 지방보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 지방자치단체의 장의 처분에 적합한 것인지를 심사(지방보조사업의 적합성 심사)
2) 지방보조사업의 적합성 심사 결과 적합하다고 판단될 때에는 지방보조금액을 확정하고 이를 해당 지방보조사업자에게 통지.
3) 지방자치단체의 장은 정산의 적정 집행여부 판단에 있어 필요시 현장조사를 실시하거나 추가자료를 요구.

2. 지방보조사업 실적보고서 검토에 따른 조치
­ 지방자치단체의 장은 제출된 실적보고서를 토대로 심사하고 그 정산결과가 적합하지 않다고 인정될 경우에는 지방보조사업자에 대하여 지방보조사업의 시정을 위한 필요한 조치를 명할 수 있음.

3. 사업비 정산액이 보조금 산출의 기초가 되는 사업량보다 감소하였을 때에는 그 감소율에 의해 보조금을 감액 조치

지방자치단체의 장은 지방보조금사업의 실적보고 및 정산 심사 후 집행잔액과 지방보조금으로 발생한 이자를 기한을 정하여 함께 반납받아야 하고 반납기한을 반납금액, 결산일정 등을 감안하여 정하되 사업이 완료된 해의 다음 연도 내에는 반납이 완료될 수 있도록 하여야 합니다.

지방보조금을 최초 교부받은 때부터 정산 후 집행잔액을 반환할 때까지 발생한 모든 이자가 환수대상이 됩니다. 집행잔액에 대한 이자만 납부하는 것을 의미하는 것이 아니며, 교부받은 보조금 전액을 집행하고 집행잔액이 ‘0’인 경우에도 보조금을 교부받은 때로부터 정산 후 집행잔액을 반납할 때까지 발생한 이자는 반납하는 것입니다.
1) 반환금리: 지방보조금 지정계좌의 약정 금리 적용
2) 반환기한을 경과한 기간의 이자: 지방보조사업자가 반환기간을 경과한 날로부터 실제반환일까지의 이자는 별도 협약이 없는 경우 ｢민법｣ 제379조의 법정이율인 연 5%를 적용하여 반납합니다.

* ｢지방보조금 관리기준｣제18조(지방보조금에 대한 이자의 계산)
① 지방자치단체의 장은 지방보조금으로 인해 금융기관의 통장계좌에서 발생한 이자를 반환받아야 한다.
② 제1항의 이자는 지방보조금을 최초 교부받은 때부터 정산 후 집행잔액을 반환할 때까지 실제 발생한 모든 이자를 포함한다. 다만, 이자반환금에 대한 10원 미만의 끝수 처리에 대하여는 「지방회계법」제55조의 규정에 따라 지방자치단체의 장이 결정하는 바에 따른다.
③ 반환이자 산정을 위한 금리는 금융기관의 해당 지방보조금 지정계좌의 약정 금리를 적용하여 산정하되, 금리 약정이 없는 등 발생이자 산정이 곤란한 경우에는 「민법」제379조의 법정이율인 연 5%를 적용하여 산정한다.
④ 지방보조금 최종 정산반환이 완료된 이후 법 제12조에 따른 지방보조금 교부 결정 취소가 있는 경우 지방보조금 반환일까지의 이자는 해당 지방보조금 통장에서 실제로 발생하지 않은 이자인바 원칙적으로 반환을 요구할 수는 없으나 이에 대해 시와 지방보조사업자 간 별도의 협약이 있는 경우 그 협약한 기준을 적용하여 이자를 산정할 수 있다.
⑤ 지방보조금 반환 기한을 경과한 기간의 이자의 경우, 반환 기한을 경과한 날부터 실제 반환일까지의 이자는 시와 지방보조사업자간 별도 협약에 따르되, 별도의 협약이 없는 경우「민법」에 따른 지연이자를 적용하여 산정한다.